根據(jù)自然資源部 農(nóng)業(yè)農(nóng)村部印發(fā)的《關(guān)于設(shè)施農(nóng)業(yè)用地管理有關(guān)問題的通知》（自然資規(guī)〔2019〕4號）明確：設(shè)施農(nóng)業(yè)用地包括農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中直接用于作物種植和畜禽水產(chǎn)養(yǎng)殖的設(shè)施用地。

其中，作物種植設(shè)施用地包括作物生產(chǎn)和為生產(chǎn)服務(wù)的看護(hù)房、農(nóng)資農(nóng)機(jī)具存放場所等，以及與生產(chǎn)直接關(guān)聯(lián)的烘干晾曬、分揀包裝、保鮮存儲等設(shè)施用地；畜禽水產(chǎn)養(yǎng)殖設(shè)施用地包括養(yǎng)殖生產(chǎn)及直接關(guān)聯(lián)的糞污處置、檢驗檢疫等設(shè)施用地，不包括屠宰和肉類加工場所用地等。

2007年，國土資源部、農(nóng)業(yè)部《關(guān)于促進(jìn)規(guī)模化畜禽養(yǎng)殖有關(guān)用地政策的通知》（國土資發(fā)〔2007〕220號）指出，畜禽舍等生產(chǎn)設(shè)施及綠化隔離帶用地，按照農(nóng)用地管理，不需辦理農(nóng)用地轉(zhuǎn)用審批手續(xù)；管理和生活用房、疫病防控設(shè)施、飼料儲藏用房、硬化道路等附屬設(shè)施，屬于永久性建（構(gòu)）筑物，其用地比照農(nóng)村集體建設(shè)用地管理，需依法辦理農(nóng)用地轉(zhuǎn)用審批手續(xù)，規(guī)?；笄蒺B(yǎng)殖用地禁止占用基本農(nóng)田。

2010年，國土資源部、農(nóng)業(yè)部發(fā)布《關(guān)于完善設(shè)施農(nóng)用地管理有關(guān)問題的通知》（國土資發(fā)〔2010〕155號）首次提出了設(shè)施農(nóng)業(yè)用地分為生產(chǎn)設(shè)施用地、附屬設(shè)施用地兩大類，明確了相應(yīng)的用地范圍及標(biāo)準(zhǔn)、嚴(yán)禁占用基本農(nóng)田規(guī)定，確定了設(shè)施農(nóng)業(yè)用地由縣級國土部門和農(nóng)業(yè)部門負(fù)責(zé)備案。

2014年，國土資源部 農(nóng)業(yè)部發(fā)布《關(guān)于進(jìn)一步支持設(shè)施農(nóng)業(yè)健康發(fā)展的通知》（國土資發(fā)〔2014〕127號），將設(shè)施農(nóng)業(yè)用地分為生產(chǎn)設(shè)施用地、附屬設(shè)施用地、配套設(shè)施用地，明確提出對于平原地區(qū)從事規(guī)模化糧食生產(chǎn)涉及的配套設(shè)施建設(shè)，選址確實難以安排在其他地類上、無法避開基本農(nóng)田的，經(jīng)縣級國土資源主管部門會同農(nóng)業(yè)部門組織論證確需占用的，可占用基本農(nóng)田。

占用基本農(nóng)田的，必須按數(shù)量相等、質(zhì)量相當(dāng)?shù)脑瓌t和有關(guān)要求予以補(bǔ)劃。各類畜禽養(yǎng)殖、水產(chǎn)養(yǎng)殖、工廠化作物栽培等設(shè)施建設(shè)禁止占用基本農(nóng)田。 再次重申設(shè)施農(nóng)業(yè)用地報縣級國土資源部門和農(nóng)業(yè)農(nóng)村部門備案。

2019年，自然資源部 農(nóng)業(yè)農(nóng)村部《關(guān)于設(shè)施農(nóng)業(yè)用地管理有關(guān)問題的通知》（自然資規(guī)〔2019〕4號，以下簡稱4號文）明確指出，設(shè)施農(nóng)業(yè)用地種植設(shè)施不破壞耕地耕作層的，可以使用永久基本農(nóng)田，不需補(bǔ)劃；破壞耕地耕作層，但由于位置關(guān)系難以避讓永久基本農(nóng)田的，允許使用永久基本農(nóng)田但必須補(bǔ)劃。

養(yǎng)殖設(shè)施原則上不得使用永久基本農(nóng)田，涉及少量永久基本農(nóng)田確實難以避讓的，允許使用但必須補(bǔ)劃。

要求各類設(shè)施農(nóng)業(yè)用地規(guī)模由各?。▍^(qū)、市）自然資源主管部門會同農(nóng)業(yè)農(nóng)村主管部門根據(jù)生產(chǎn)規(guī)模和建設(shè)標(biāo)準(zhǔn)合理確定，其中，看護(hù)房執(zhí)行“大棚房”問題專項清理整治整改標(biāo)準(zhǔn)，養(yǎng)殖設(shè)施允許建設(shè)多層建筑。

2020年，自然資源部辦公廳《關(guān)于設(shè)施農(nóng)業(yè)用地上圖入庫有關(guān)事項的通知》（自然資辦函〔2020〕1328號）明確要求，自然資規(guī)〔2019〕4號文件出臺后新建或在建的設(shè)施農(nóng)業(yè)用地，原則上在2020年底前全部在設(shè)施農(nóng)業(yè)用地監(jiān)管系統(tǒng)上圖入庫；4號文件出臺前已建的設(shè)施農(nóng)業(yè)用地，原則上在2021年6月30日前全部上圖入庫。

2021年，自然資源部 農(nóng)業(yè)農(nóng)村部 國家林業(yè)和草原局《關(guān)于嚴(yán)格耕地用地管制有關(guān)問題的通知》（自然資發(fā)〔2021〕166號，以下簡稱166號文）明確：嚴(yán)禁新增占用永久基本農(nóng)田建設(shè)畜禽養(yǎng)殖設(shè)施、水產(chǎn)養(yǎng)殖設(shè)施和破壞耕作層的種植業(yè)設(shè)施。自文件發(fā)布后，原則上新上的設(shè)施農(nóng)業(yè)用地將不能再使用永久基本農(nóng)田。

設(shè)施農(nóng)用地管理中經(jīng)常存在以下問題：

1-選址隨意性大，分布小、散、亂

2-破壞耕作層，有的甚至占用永久基本農(nóng)田

3-缺乏系統(tǒng)的用地標(biāo)準(zhǔn)及建設(shè)標(biāo)準(zhǔn)

4-存在超范圍使用和擅自改變用途等問題

5-與一二三產(chǎn)融合發(fā)展用地管理混淆

6-設(shè)施農(nóng)用地后期監(jiān)管缺位

7-違法違規(guī)使用認(rèn)定難，查處難

8-設(shè)施農(nóng)用地使用期限過短或者過長

《土地衛(wèi)片執(zhí)法圖斑合法性判定規(guī)則》明確：將原設(shè)施農(nóng)業(yè)用地用于非農(nóng)業(yè)建設(shè)的，應(yīng)判定為新增非農(nóng)建設(shè)違法用地。

不按規(guī)定使用土地的，擅自或變相將設(shè)施農(nóng)業(yè)用地用于非農(nóng)建設(shè)的，自然資源部門可依據(jù)《土地管理法》第七十七條查處。

《土地管理法》第七十七條  未經(jīng)批準(zhǔn)或者采取欺騙手段騙取批準(zhǔn)，非法占用土地的，由縣級以上人民政府自然資源主管部門責(zé)令退還非法占用的土地，對違反土地利用總體規(guī)劃擅自將農(nóng)用地改為建設(shè)用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他設(shè)施，恢復(fù)土地原狀，對符合土地利用總體規(guī)劃的，沒收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他設(shè)施，可以并處罰款。

《土地管理法實施條例》第五十七條　依照《土地管理法》第七十七條的規(guī)定處以罰款的，罰款額為非法占用土地每平方米100元以上1000元以下。

非法占用耕地或永久基本農(nóng)田的設(shè)施農(nóng)業(yè)項目，屬于破壞農(nóng)用地，適用《土地管理法》第七十五條。

《土地管理法》第七十五條  違反本法規(guī)定，占用耕地建窯、建墳或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采礦、取土等，破壞種植條件的，或者因開發(fā)土地造成土地荒漠化、鹽漬化的，由縣級以上人民政府自然資源主管部門、農(nóng)業(yè)農(nóng)村主管部門等按照職責(zé)責(zé)令限期改正或者治理，可以并處罰款；構(gòu)成犯罪的，依法追究刑事責(zé)任。

《土地管理法實施條例》第五十五條　依照《土地管理法》第七十五條的規(guī)定處以罰款的，罰款額為耕地開墾費(fèi)的5倍以上10倍以下；破壞黑土地等優(yōu)質(zhì)耕地的，從重處罰。