我國農村流通產業發展仍然滯后是制約農業電子商務發展的重要原因。由于缺乏統一規劃，各地區物流基礎建設發展不平衡，倉儲產品品種過多，庫存量過大，導致倉儲保鮮成本過高，同時加大了農產品的損耗。運輸時間太長，加大物流成本，農產品損耗有保障的農村物流覆蓋范圍有限，農村需求分散導致“最后一公里”配送難題尤其突出。

農產品因其自身的生產特點和產品屬性，不同產區出產的同類農產品品質本身就有差異，加上生產過程各產區不同，這些都導致了不同生產主體的產品在生產過程中容易出現產品質量參差不齊的情況。加之缺乏統一的產品分選標準，因此導致了在當前階段我國農產品線上銷售的時候，出現了產品品質不一，同批次商品間個體質量差異大，甚至是以次充好，或者假冒同類產品的情況，給消費者在選購過程中造成了很大的困擾。

我國農產品產區分布較廣且種類繁多，不同產區所生產的農產品不僅產品直觀外形差別很大，而且在營養價值等方面也都存在不同。很多農產品沒有經過正規的檢測與檢疫就直接上線銷售，不僅在包裝上無法說明產品性狀，而且也缺乏安全、合格的商品質量保證。導致了容易誤導消費者，以及出現問題后消費者維權困難等情況。

農產品電商再運行和維護過程中，需要具有專業知識和技能的專業人員。這些人員不單要具備一定的網絡技術知識，還要熟悉農產品品類、有農產品相關的電商知識和專業技能等。而當前除了部分較大的農產品電商平臺有一定的人員配備外，更多從事農產品線上銷售的人員，都是農業生產者，這些人雖然熟悉農業生產，但是缺乏相關的網絡技能和知識，這些都制約了農產品電商的發展。

做電商難，做好電商更難，讓農戶做電商是難上加難。基于實際情況，絕大多數農戶都沒接受過電商教育，落后的電商觀念讓他們只在乎眼前的既得利益，教會他們利用電商盈利，對于他們來說缺乏吸引力和推動力。此外，不少農村現在仍然存在網絡缺陷。甚至有時候信號都不好，電話打不出去、網絡時常中斷，在這種環境下發展電商會存在很多局限性。

推動縣域配送車資源共享。依托縣級電商運營中心和電商園區，搭建縣域物流配送信息和車輛資源共享平臺，鼓勵物流配送企業共享車輛、集中配送。

農產品品牌的打造中的重要內容就是制定相關的生產、管理標準，從農產品的生產環節入手，通過標準化的生產流程和管理標準來為產品品質提供一定的保證。同時還要根據產品自身的特性，參考科學的分類參數，結合科學的分類方法對產品進行等級劃分，同一等級的產品在外形、品質等方面都較為相近，這樣就可以避免因無法自行分選商品而出現的產品品質不一的問題。

推動農產品溯源在食品上的應用，建立并完善了一套食品安全溯源制度，從生產、加工、銷售到消費者終端，通過專用的硬件設備進行信息的共享，為最終的消費者服務。在這樣溯源系統全流程的覆蓋下，一旦發生問題，溯源系統能夠快速的反應，獲取問題產品生產、流通整個流程的信息，并進行排查定位，確定問題的根源，然后針對性解決。

多縣共享電子商務運營人才。采用初級、中級、高級以及專項技能培訓班等方式，實施分級分類培訓。鼓勵教育部門及高等院校與大型電商平臺企業聯合編寫電商培訓教材，并及時更新，與時俱進，讓農戶們對電商專業技能的學習與時代同步。

國家完善對農村基礎網絡設施的建設，作為“互聯網+農業”這場變革的主體，農民能否接受互聯網的洗禮，成為真正意義上的“新農人”，才是互聯網與農業進行深度融合的關鍵。當務之急是充分調動農民接受互聯網從而轉變傳統經營的積極性，培訓農民了解“互聯網+農業”運作模式與操作方法，逐漸地轉百年農戶參與主體意識的觀念。